在美國，食用的棉花籽油主要萃取自兩種棉花，陸地棉和草棉（有興趣的朋友可以在網路上搜尋一下這兩種棉花）。繼大豆油、玉米油、以及油菜籽油之後，棉花籽油是第四種來自基因改造植物的食用油。
棉花籽油的危險
雖然食用棉花籽油在美國透過精鍊之後去除掉其中的棉酚，成為可食用的棉花籽油，不過它並不是用來做為一般家庭用的烹調用油，而是作為其他加工食品的成份之一。它的確含有一些不好的物質，對人體可能有害，不宜拿來作為家庭烹調用油，不宜高溫處理。棉花籽油的危險來自以下各項：
一、天然毒素
根據營養學的資料，棉花籽油中的確含有天然毒素，其中一種自然產生的毒素存在於棉籽棉酚，這種毒素是存在於棉花籽中，是一種棉花為防護白蟻而自身產生的。棉籽棉酚可以加在中藥當中，妨礙鉀的代謝，干擾男性體內的精子活動力，降低男性的生育能力，可謂是男性的避孕藥。
二、高飽和脂肪
另一個危險是棉花籽油含有很高的飽和脂肪，這種飽和脂肪酸會在體內產生LDL（低密度脂蛋白）以及壞的膽固醇。長期連續使用會導致心血管疾病，例如動脈堵塞、心臟病以及心絞痛等。同時可能導致omega 3必須脂肪酸的不足，提高膽固醇。
三、過敏性反應
由於棉花籽油和花生油的成份分子結構相似，因此對花生容易過敏的人，在食用棉花籽油之後，也會引發過敏，例如皮膚出現紅疹、搔癢、灼熱或腫脹。甚至可能因過敏而出現呼吸困難、喉嚨沙啞等。
四、基因改造
為了取得棉花籽油，因此要對棉花籽進行基因改造，會跟一種野生雜草做雜交，以便讓棉花產生更強的抗體以耐蟲蛀（象鼻蟲和其他昆蟲）。同時棉花田需要大量的除草劑，如果有殘存的除草劑透過棉花籽油的食用而進入人體，會減低抗生素的效果，使人病體難以痊癒，特別是會使得結核病、性病，或淋病的治療用藥無法發生效用，使病況難以治療。
五、農藥
由於棉花不是糧食作物，在栽種的時候所噴灑的農藥自然對人體就比較不利，這些農藥是由氰化物、克蟎特、三氯殺蟎醇、氟樂靈、二溴磷等所製成，對人體是致癌物質。這些農藥滲入棉花種子當中，轉製成棉花籽油後進入人體，觸發癌細胞的發展，會讓人出現不同類型的癌症。
總的來說，雖然棉花籽油中含有維他命E及維他命K等對人體有益的物質，但是也因為它所含的其他危險物質更多，所以，能選擇食用橄欖油或大豆油的時候，誰會選擇食用棉花籽油呢。
